柔性原子受體模型(FLARM)

柔性原子受體模型(Flexible Atom Receptor Model,FIARM)方法使用了改進的遺傳算法(IGA),比傳統(tǒng)的受體模型方法具有更快的計算速度;FLARM受體模型中的原子空間坐標在遺傳演化過程中是可變的,避免了不合適的起始位點對模型的影響;另外,FLARM用增加空原子權(quán)重的方法,可以生成不完全封閉的、允許有大段空區(qū)域的受體模型,這樣的模型能更好地模擬實際受體的結(jié)構(gòu),并且容易和藥效團模型找到對應關系.我們用FLARM方法分別計算了甾類化合物體系的CBG蛋白親和性和1,1,3-三氧-2H,4H-噻吩并[3,4-e][1,2,4]噻二嗪衍生物(TID)體系的抗HIV-1活性,計算結(jié)果表明FIARM生成的虛擬受體模型對配體分子的活性具有較高的預測能力,在此虛擬受體模型的基礎上還可以進一步分析虛擬受體分子與配體分子的相互作用機制,對真實受體分子結(jié)構(gòu)的活性位點進行初步預測.

作 者： 裴劍鋒 周家駒   作者單位： 中國科學院過程工程研究所,北京,100080  刊 名： 化學學報  ISTIC SCI PKU 英文刊名： ACTA CHIMICA SINICA  年，卷(期)： 2002 60(6)  分類號： O6  關鍵詞： 柔性原子受體模型   遺傳算法   甾類化合物   TTD   藥物設計  

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